노조는 11월9-10일 화양유스텔에서 2기 지도부 출범식과 3차 정기대의원대회를 열고 본격적인 2기 사업에 들어갔다. 전체 대의원 151명 가운데 128명이 참석한 이날 대의원대회는 9시간 넘게 진행되었으며 대의원들은 △조합원 중심의 조직운영과 책임있는 사업체계 확립 △간부역량 강화와 조합원 정치의식 향상 △미전환노조 가입결의와 미조직노동자 사업 강화 △집단교섭을 통한 2002년 임단투 승리 △신자유주의 구조조정 저지와 반전평화 반미 투쟁 강화를 5대 사업목표로 하는 사업계획을 확정하고, 이에 따른 총 44억5천만원 규모의 예산을 통과시켰다. 사업계획 심의 과정에서 산안사업이 빈약하다는 다수 대의원들의 지적에 따라 빠른 시간 안에 지부와 지회 산안담당자회의를 열어 사업계획과 예산안을 마련, 중앙위원회에서 논의하기로 했다.

또 정치사업 중 "지회 대의원 이상을 민주노동당원으로 최대한 조직한다"는 안에 대해 몇 몇 대의원들이 "대중조직에서 특정 정당 가입을 추진하는 것은 옳지 않다"며 이의를 제기하기도 했으나 찬성자가 17명에 그쳐 원안대로 추진하기로 했다.
규약개정은 중앙위에서 제출된 감사위원회 구성 등 9개 조항은 80.3%의 찬성으로 가결되었다. 그러나 양선배 등 10명의 대의원에 의해 발의된 중앙위원회 구성과 선출(선출직 중앙위원 수 확대)건은 투표결과 64.1%의 찬성으로 부결되었고 △지부설치 건(최병석 대의원 등 10명이 발의) △중앙위원회 및 대의원 대회 기능(양선배 대의원 등 발의)은 축조심의과정에서 부결되었다.

회계감사에는 김세훈·장학수(이상 경남1지부)·김기성(만도지부)·류근철(충남지부) 등 4명이 뽑혔다. 사업평가와 회계감사 승인 건, 연맹·민주노총 파견대의원·파견중앙위원 선출 건은 원안통과 되었다.

정기대의원대회에 앞서 열린 2기 지도부 출범식에서 김창근 위원장은 취임사를 통해 "1기에서 단일노조로서 기틀을 다지는 등 많은 성과를 거두었으나 아직은 산별노조로서 내용을 채우지 못하고 있다"며 2기에는 "단일노조를 넘어 160만 금속노동자를 대변하는 산별노조로서의 토대를 마련하자"고 힘주어 말했다.

민주노총 김예준 부위원장은 격려사를 통해 "금속노조는 전태일 정신을 직접 계승하고, 전노협 정신을 온몸으로 계승한 자랑스런 조직"이라며 "12월 2일 민중대회, 김대중 노동정책 불신임투표, 전교조 투쟁에 금속노조가 앞장서 달라"고 당부했다.

또 1기에서 2기출범까지를 담은 '금속노조 활동사 뮤직 비디오'(7분) 상영이 있었다.
출범식에서는 또 이승필 전 위원장에게 공로패를, 금속노조 파업 문화 지원단에게 감사패를 수여했으며, 포항지부 전 조직2부장 고 김상식 동지에게 금속노조의 가장 큰 상인 노동해방상을 수여했다. 이밖에 경주지부와 한합지회, 이진홍 조합원(부양지부 정관지역지회)이 단결투쟁상을, 계양전기지회가 조직강화상을, 김용기 에스제이엠지회 조직부장이 연대투쟁상을 받았으며, 장기간 투쟁을 벌이고 있는 세광공업지회와 한국시그네틱스지회, 일진 아산 지회, 에스엔지지회가 투쟁 격려상을 받았다.

축하공연에는 '파업문화지원단' 중 젠, 우리나라, 몸짓선언, 박성환 동지가 함께 했다. 한편 상무집행위원회에서는 대의원대회 평가를 통해 오랜시간 회의가 진행되었음에도 모두 회의에 진지하게 임했으며 이는 노조사업에 대한 애정과 대의원들의 성실성으로 높이 평가했다. 그러나 서울, 충남, 대전충북, 경남1지부만이 제시간에 도착했다며 지각으로 인해 정기대의원대회가 위협받는 사태는 절대 없어야 하며 늦어진 것에 대해서는 반성이 필요하다고 지적했다. 또 회의시간이 10일 새벽 2시까지 진행되었는데 이는 하루에 일정을 마치고자 했기 때문에 무리하게 진행되었다. 이후로는 일정 시간이 되면 정회하고 다음날 속개하는 풍토가 정착되어야만이 충분히 토론할 수 있다고 지적했다.