1996년 바르샤바 남북회담에 참여한 사건의 국가보안법 위반(잠입탈출과 찬양고무)혐의와 1998년 8월 군산미군기지 앞에서 열린 집회에서 미군기지 침입으로 군사시설보호법 위반혐의, 같은 날 집회에서의 미군 폭행(폭력에 관한 법률 위반)에 대한 문정현 신부의 재판이 지난 4일 열렸다. 이날은 사건별 증인을 채택해 심문하고 최후변론과 최후진술이 있었다.

국가보안법 위반 혐의에 대해 전국연합 조통위원장이었던 조성우씨가 나와 사건의 배경에 대해 남한 운동사회의 대표성을 띌 수 있는 분인 문정현 신부가 바르샤바로 가서 남북대화를 해주길 제안했던 것이라고 말했다.

군산미군기지 집회건에 관한 증인으로는 당시 불평등한 SOFA개정 국민행동에 있었던 임연이씨가 나와 증언하였다.

"신부님이 미군들의 폭행에 항의하기 위해 앉은 자세로 모기장 설치를 위해 빌려온 망치로 철망과 파이프를 서너 차례 쳤다. 그러다 정문 안쪽으로 1.5M 정도 한걸음 들어서자 다짜고짜 신부님을 체포했다."고 말했다.

이덕우 변호사는 최후 변론에서 "미군폭행은 현실적으로 불가능했다"며 "자유민주주의를 지키기 위해 존재한다는 국가보안법이 자유민주주의를 침해하고 있는 현실을 개탄하며 어느덧 국가보안법에 관련한 재판들이 매우 상투적이고 관성적으로 치루어지고 있다"고 강조했다. 이어 "재판부의 새로운 시각과 고민이 필요하다"고 말했다.

문정현 신부는 최후진술에서 "지금 치러지고 있는 재판은 반미투쟁을 하고 있는 나에 대한 정치적 재판"이라고 일축했다.

문 신부는 "한국이 미국의 식민지나 다름없다. 미국에 대해 더 이상의 순종과 굴종은 없어야 한다"며 "이번 재판이 국가보안법의 마지막 재판이 되길 재판부에 당부"했다.