전국교직원노동조합(전교조)은 6월 2일(월) 오전 11시, 교육인적자원부 장관 등 교육행정정보시스템 강행을 지시한 교육부 관료 4명을 형법상의 '직권남용 및 강요' 등을 위반한 혐의로 서울지방검찰청에 고발장을 접수했다.

전교조는 "아무런 법률적 근거도 갖추지 않은 교육행정정보시스템(NEIS) 시행을 일선 교사들에게 강요함으로써 직권을 남용했을 뿐 아니라, 부당한 압력을 가해 형법 제123조(직권남용죄)와 제324조(강요죄)를 위반했다"며 윤덕홍 교육인적자원부 장관, 서범석 교육인적자원부 차관, 김동옥 교육인적자원부 장관, 김두연 정보화담당과장 등 4명을 고발했다.

전교조는 고발장을 통해 "국가기관인 국가인권위원회에서 이미 NEIS에는 인권침해 요소가 분명히 있고, 교육인적자원부가 학생들과 학부모들의 개인정보 수집과 관리를 할 수 있는 법적 근거가 없다는 점을 지적하였음에도 이를 강행하려는 것은 명백히 직권남용"이라고 밝혔다. 전교조는 또 "강행과정에서 피고발인들은 교사들에게 징계처분과 각종 불이익을 고지하여 협박을 일삼았고, 이는 위헌, 위법한 지시에 따를 의무가 없는 교사들로 하여금 협박으로 의무 없는 일을 하게 하는 것이므로 강요죄에도 해당한다"고 주장했다.