한나라당 정형근 의원이 10월 3일 (금) 오전 MBC 라디오 '손석희의 시선집중'에서 전화 인터뷰를 통해 "국내에 북한과 연계된 핵심세력이 정부 내에 핵심으로 포진하고 있다"며 "정부의 핵심 세력에서 송두율씨를 이렇게 위장 입국시키고 컨트롤하고 미화, 찬양시키고 이런 핵심 세력, 이것을 찾아내는 것이 이 사건의 열쇠"라고 주장해 파문이 일고 있다.

정형근 의원은 이 같은 주장의 배경으로 "국정원이 30년 동안 암약한 최고 간첩을 3~4일 동안에 집에 왔다갔다 출퇴근시키면서 조사했다는 것, 법무부장관이 김철수 정치국 후보위원회이라서 처벌 못한다는 발언, KBS의 그런 상식을 벗어난 미화작업, 또 국정원의 공소보류, 이 차장의 독일방문, 그리고 청와대의 여러 가지 초청건의, 모든 것을 볼 때 조직적인 배후와 조직적인 개입이 있었다"는 등의 근거를 들었으며 "조직적으로 최고위층 정부의 기관들이 개입했다고 본다"고 주장했다.

정의원은 어디까지가 정부의 핵심이냐는 질문에는 "수사를 해보면 알 것"이라고 밝혔으며 북한과의 연계수준은 어느 정도로 보느냐는 질문에 "대한민국의 정체성, 국기가 대단히 위험한 그런 수준까지 갔다"고 대답했다. 또한 이 사건을 계기로 해서 한국판 매커시즘이 횡행하는 게 아니냐 부분에 대해서는 어떤 입장이냐는 질문에 "확실한 사람임에도 불구하고 걸핏하면 매커시즘이다, 걸핏하면 이게 보수 우익의 뭐다, 이런 이 사회 행태는 이제 끝나야 된다고 생각합니다. 거꾸로의 매커시즘이다"고 말했다.

이 같은 '거꾸로의 매커시즘'이라는 정형근 의원의 주장에도 불구하고 "정부핵심세력의 북한 연계설" 주장은 KBS 정연주 사장에 대한 간첩설 제기이후 연이어 나온 발언이라 한국판 매카시즘으로 몰아가고 있다는 비난은 면하기 어려울 것으로 보인다. 몇몇 인터넷 게시판등에서는 정의원의 발언에 대해 "또 시작이냐"는 글들과 "증거를 대라"를 글들이 올라오고 있다.

한편 정의원에 이어 인터뷰에 응한 송두율 교수의 변호사인 김형태 변호사는 송두율 교수가 거짓말을 했다는 주장에 대해 "처음부터 일관되게 김철수 초청 받아간 건 맞다, 그런데 후보위원으로서 행세하거나 이런 적은 없다, 그리고 이번에 새로 추가된 게 있다면 그쪽 노동신문에 이름이 쭉 나오는데 김철수란 이름이 정치국, 23이라고는 안 나오고 세 보면 그 정도 된답니다. 그래서 그것을 본인이 거기서 그 무렵에 알았다 라고 하는 것이 추가로 더 밝혀진 사실"이라고 밝혔다.

김변호사는 또 사인을 했다고 하는 국정원 조사 내용과 기자회견에서 한 얘기가 다른 부분에 대한 질문에는 "제가 볼 때는 국정원이 여러 번 개혁의 대상이 됐었고요. 정형근 의원 거기 계실 때 여러 가지 물의를 일으킨 사건들이 많이 발생했었고, 그런 것들이 저는 깨끗이 지금 없어진 상태는 아니라고 보고요. 국정원이 하는 일이 다 옳다, 정권이 바뀌었다고 해서 갑자기 수십 년 하던 관행이 바뀌었다고 생각하진 않는다"고 밝혔다.