대학입시와 관련하여 교육부가 NEIS에 집적된 고등학교 3학년 학생들의 정보를 모든 대학에 보내왔던 것으로 밝혀져 논란이 되고 있는 가운데, 10월13일 개최된 제4차 교육정보화위원회 회의에서 NEIS를 반대하는 위원들이 이 정책의 인권침해 문제를 지적하고, 교육정보화위원회에서 이의 시정을 권고할 것을 제기하였으나, 교육부와 위원회가 이에 대한 해결의 노력을 보이지 않음에 따라 회의가 끝난 후 회의장에서 농성을 벌였다.

교육부는 지난 6년간 매년 대학입시의 효율성을 위한다는 명목으로 전국의 모든 고등학교 3학년생의 신상정보와 성적 등 개인정보를 CD로 제작하여 지원하는 대학과 상관없이 전국의 모든 대학에 보내왔다. 특히 올해 NEIS 투쟁으로 정보인권에 대한 관심이 높아져 이에 대한 비판이 거센 가운데도 아무런 거리낌없이 각 대학에 학생 개인정보가 입력된 CD를 보내려 한 것으로 밝혀졌다.

이와 관련하여 NEIS의 정보인권침해를 지적해 온 전국교직원노동조합의 차상철 사무처장, 박경양 참교육학부모회 회장 등 교육정보화위원들은 오늘 국무총리 회의실에서 2시부터 열린 교육정보화위원회에서 이 문제에 대한 해결방안을 논의하자고 제안했다. 위원회에 참석한 대부분의 위원들은 이 정책이 정보인권을 침해하고 있음에 대해 공감하였고, 위원으로 참석한 서범석 교육부차관 역시 과거 교육부 정책에 문제가 있었음을 인정하였다. 하지만, 서차관은 "대학입시에 혼란을 빚을 수 있다"는 이유를 들며 "올해에는 정책을 변경할 수 없다"는 입장을 고수해, "인권보다 행정편의를 우선하는 발상"이라고 주장하는 NEIS 반대측 위원들과 논란을 벌였다. 이 과정에서 "이 정책은 명백한 불법이므로, 행정 소송이 제기될 수 있다"는 주장도 나왔다.

또한, 교육부가 NEIS 형식으로 입력된 정보만을 인정하겠다고 밝혀 논란이 되었다. 교육부가 지난 해까지만 해도 C/S(학교단위 교육행정시스템) 정보로 입시를 처리해왔음에도 불구하고, NEIS 문제가 논의되고 있는 상황에서 NEIS 정보만을 고집하는 것은 NEIS를 사실상 강행하려는 의도라는 비판이 강하게 제기되었다.

결국 이 문제는 교육정보화위원회 위원장이 위원회에서 다룰 수 있는 사항이 아니라고 논란을 중지시킴으로써, 위원회에서는 별다른 구체적인 해결 방안을 내놓지 못하였다. 이에 항의하는 차상철 위원은 회의가 끝나고도 교육부의 입장을 듣기 전에는 물러날 수 없다며 회의장에서 농성을 시작했다. 이들은 교육부차관이 전교조와의 협의를 약속함에 따라 8시경 농성을 풀었다. 위원들은 14일 5시에 교육부차관과 면담하고 이에 대한 해결 방안을 협의하기로 했다.

이 날 회의와 농성에 함께 참여한, NEIS 반대, 정보인권사수를 위한 공동대책위원회 오병일 운영위원장은 "교육부 관료는 NEIS의 문제점으로 지적된 자기정보통제권의 침해를 하나의 '학설'일 뿐이라고 말하고 있다"며 "고3 정보의 CD 제공 문제에 대해 교육부는 자신들도 문제점을 인식하고 있다고 말하지만, 그들이 정말로 정보인권 침해의 문제점을 이해하고 있는지 매우 의심스럽다"고 꼬집었다.