모든 정부기관은 예산의 편성에서 집행, 결산까지 기획예산처, 감사원 혹은 국회로부터 이중 삼중의 감사를 받고 있다. 그러나 국정원은 예외다. 국정원법 제 12조는 국정원의 예산은 국정원비와 정보비로 하여 총액으로만 요구되고 예산안의 첨부서류는 제출하지 않는다고 하였다. 또한 국정원의 본예산 외에 미리 기획하거나 예견할 수 없는 비밀활동비가 총액으로 다른 기관의 예산 또는 예비비로 편성될 수 있다고 하였다.

그리고 13조 1항은 국정원장으로 하여금 국회예산결산 심사 및 안건 심사와 감사원의 감사에 있어서 국가의 안전보장에 중대한 영향을 미치는 국가기밀사항에 한하여 그 사유를 소명하고 자료의 제출 또는 답변을 거부할 수 있게 했다.

한편 국회에 신설된 정보위원회는 국정원의 모든 예산에 관하여 실질심사에 필요한 세부자료를 제출하도록 하고 있고, 그 예산 심사는 비공개로 하며, 위원은 예산 내역을 공개하거나 누설해서는 안 된다고 명시하고 있다.

국정원에 대한 총제는 감사원에 의한 감사가 사실상 한번도 실현되지 않은 것에 비추어 국회의 정보위원회를 통한 통제가 사실상 유일한 것이라고 할 수 있다. 즉 예, 결산에 나타난 액수에 따라 국정원의 활동을 짐작하고, 국정원장이 정보위원회에 출석하여 밝힌 활동 내용의 범위 안에서 그 활동을 짐작할 수 있을 뿐이다.

17일 정보통신부가 국회 과학기술정보통신위원회 소속 서혜석 열린우리당 의원에게 제출한 자료에 따르면 정보통신부는 2000년부터 올해까지 국가정보원 관련 업무에 466억원의 예산을 사용한 것으로 나타났다.

2005년 예산의 경우도, 정통부 예산 가운데 소위 ‘정보예산’으로 잡힌 특수활동비가 31억9,200만원, 국정원이 실질적 조정 기능을 갖고 있는 국가보안기술연구소(국보연) 위탁 연구과제 예산 67억2,500만원 등 모두 99억1,700만원이 국정원 업무 관련 예산으로 책정됐다.

이 가운데 국정원 등 수사기관의 요청으로 우편검열을 하는 우정행정관리비 등의 용도로 쓰이는 특수활동비의 경우 2000년 18억8200만원에서 올해 31억9200만원으로 매년 급증하는 추세를 나타냈다. 또 정통부가 국보연에 맡긴 위탁과제 예산도 2000년 38억원, 2001년 43억원, 2002년 38억원, 2003년 63억원, 2004년 76억5000만원, 2005년 67억2500만원으로 꾸준한 증가세를 보인 것으로 조사 됐다. 한 마디로 정통부의 자료를 통해서 추정할 수 있는 국정원 관련 예산은 계속 증가 추세를 나타내고 있다는 것이고, 이 또한 베일 속에 가려진 국정원 예산의 일부라고 추정할 뿐인 것이다.