2006년 5.31 지방선거의 간판인 민주노동당 서울시장 후보에 김종철 전 최고위원이 당선됐다. 민주노동당 서울시당은 18일 '2006년 지방선거 서울시장 후보 선출대회'를 열고 서울시장 후보와 서울시의원 비례대표 후보를 선출했다.

지난 14일부터 18일 오후 5시까지 진행한 선거에서 김종철 후보는 투표자 5,140명 중 2,651표(51.6%)를 얻어 2,428표(47.2%)에 그친 김혜경 후보를 근소한 차이로 제치고 당선됐다. 시의원 비례대표 후보는 이수정, 김득의, 정호진, 황철우, 박선희, 이용진 순으로 순위가 정해졌다.

김종철 후보는 당선자 연설에서 “우리 삶에서 가장 중요한 주거, 의료, 교통, 에너지 등을 자본주의 방식이 아니라 민주적 사회주의 체제로 조직해야 한다”며, “무난한 선거가 아니라 투쟁하는 선거를 치룰 것”이라고 밝혔다.