서울시가 '세계일류 문화도시, 서울'을 건설하겠다는 목표로 노들섬에 오페라하우스를 짓겠다는 계획을 발표한 후 지난 8월 22일 2005년도 추가경정예산 편성과정에서 노들섬에 있는 기존 옹벽을 철거한다는 이유로 무려 29억 4천만 원의 예산을 증액해 시민사회단체의 반발이 이어지고 있다. 이번 예산편성은 오페라하우스 건립사업의 기본계획에 대한 타당성 조사, 지질조사, 수리모형, 운영방안 등에 대한 용역조사가 끝나지도 않았고 결과보고서가 완성되지도 않은 상황에서 이루어진 것이라 더욱 논란이 되고 있다.

문화연대는 긴급 성명서를 내고 "타당성 조사 결과가 나오기도 전에 올 2월에 노들섬 부지를 매입하고, 7월에 국제아이다어 설계공모를 하고 명칭 및 아이디어 공모하는 등 서울시의 오페라하우스 건립계획 및 추진과정은 민주성을 철저히 무시한 채 추진되고 있으며, 이번 예산편성은 타당성 조사가 형식적인 절차라는 것을 서울시 스스로가 중명해 보인 것이다"고 강력히 비판하고, "지금 서울에 필요한 것은 오페라하우스 같은 대규모 복합공연장이 아니라 소규모 혹은 중간규모의 공연장이다. 실례로 예술의 전당 오페라극장 객석 점유율은 50% 수준에 그치고 있는 반면 중간규모의 공연장은 극히 부족한 실정이다"며 "문화예술을 진흥시키고자 한다면 거대한 문화시설을 건립하는 것이 아니라 문화자원을 발굴하고 문화컨텐츠를 개발하는 것이 우선시되어야 한다"고 주장했다.

한편, 서울시의 오페라하우스 건립부지인 노들섬에 멸종위기종으로 보호되고 있는 맹꽁이 올챙이 수백 마리가 집단 서식하고 있는 것으로 확인되어 환경단체들의 반발도 이어지고 있다.