새누리당은 지난 9월 22일 주호영 새누리당 정책위의장이 공개 의원총회에서 “진상조사특위의 위원장이 누가 되느냐에 따라 위원회 운영 방향을 정하기 때문에, 위원장을 어떻게 결정할지는 중요한 문제”라며 특별법 협상의 주요 쟁점화를 예고한 바 있다. 당시 주호영 의장이 구체적으로 위원장 결정방식을 드러내지 않고 추후 중요한 쟁점이라고 한 이유가 이제 밝혀진 셈이다. 대통령의 특별법 협상 가이드라인 때문에 세월호법 타결이 어려운 상황에서 특검 후보 추천 문제를 먼저 푸는 대신, 진상조사위 조사권을 무력화할 수 있는 진상조사위원장 임명 몫을 대통령에게 주겠다는 것이다.
세월호 참사 진상규명 국민대책회의는 “권력으로부터 독립해야할 진상조사위원회의 조사권마저 대통령과 여당이 좌지우지 하겠다는 것”이라고 강력히 반발했다. 대책회의는 24일 오전 11시 30분 여의도 새누리당사 앞에서 규탄 집회를 열고 “여야 3차 합의안에 따르면 세월호 특별법 추가 협상은 특검 추천 과정에 어떻게 유가족의 참여를 보장할지를 논의하는 것이 순리”라며 “그런데 새누리당은 유가족 참여를 논의하기는커녕 진상조사위원장 임명을 대통령이 해야 한다는 주장을 하고 있다. 사실상 가해자들인 대통령과 여당이 좌지우지하는 진상조사위원회를 만들겟다는 것”이라고 비난했다.
박석운 대책회의 공동위원장은 “진상규명의 핵심은 근본적으로 규제완화와 철폐에 있는데, 규제완화를 유병언이 했나”라고 묻고 “규제완화가 주요 원인인데 그 책임이 있는 정부여당이 수사와 조사의 대상”이라고 지적했다.
박석운 공동위원장은 또 “세월호 운영의 당사자로 의심되는 국정원과의 연관관계가 밝혀져야 한다”며 “조사받을 당사자가 해경과 국정원, 청와대인데 수사대상이 자기 마음대로 조사위원회를 쥐락펴락 하겠다는 것이다. 진상조사위원회에서 빠질 사람은 유가족이 아니라 청와대와 국정원“이라고 맹비난했다.
김정훈 전교조 위원장은 “아직도 한을 다 풀지 못한 세월호 참살의 희생자들이 있고 유가족의 피눈물이 흐르고 있는데도 새누리당과 청와대는 그 목숨을 우롱하고 있다”며 “정치권의 협잡에 의해 세월호 특별법안이 누더기가 됐고, 그 누더기조차 지키지 못하겠다는 새누리당과 청와대는 생명권마저 부정하는 짓거리를 하고 있다“고 맹비난 했다.
김혜진 대책회의 공동운영장도 “청와대는 6월에 국정조사가 열렸을 때 185건의 자료제출 요구 중 단 한건도 제출하지 않았고, 8월 예정인 청문회도 청와대의 증인 출석 문제를 놓고 논란을 벌이다 결국 무산되는 등 무수하게 진상규명을 방해해왔다”며“심지어 특별법 협상 가이드라인까지 제시했다”고 지적했다.
이태호 국민대책회의 공동운영위원장도 “우리는 세월호에 대해서 잊어가고 있는데 이 참사의 책임이 있는 사람들은 절대 잊지 않고 있다”며 “그들은 이 참사에 대해 어떡하면 책임을 회피할 수 있을지, 어떡하면 진상규명을 방해할지 밤낮으로 골몰하고 있다는 사실을 잊어서는 안 된다”고 강조했다.
이태호 운영위원장은 “여당은 특별검사도 양보한 유가족에게 특별위원회 위원장도 대통령이 임명하겠다고 주장하고 있다”며 “가해자가 수사권과 기소권을 가지고, 심지어 진상조사위원장도 임명해 조사권도 행사한다면 진상이 밝혀질 수 있겠느냐”고 반문했다. 그는 “청와대와 여당은 어떡하면 진상조사위원회 조사권조차 대통령이 영향력을 행사할 수 있을지, 청와대의 가이드라인에 따라 진상규명을 방해할 방법을 찾느라 온갖 구상과 아이디어 내기에 골몰하고 있다”고 지적했다.
대책회의는 새누리당에 보내는 항의서한에서 “세월호 참사의 진상규명을 적당히 뭉개기 위해 대통령과 자신들이 좌지우지할 인물로 진상조사위원회를 구성하겠다는 망상을 버려야 한다”며 “독립적인 진상조사위원회 구성은 세월호 참사로 가슴과 영혼에 생긴 국민 상처를 치유하는 첫 걸음”이라고 강조했다.