공공연맹이 6월 8일 중앙집행위원회 회의를 통해 서울대병원지부노조 가맹을 결정하자 보건의료노조가 강하게 반발하고 나서 갈등이 예상된다.

보건의료노조는 9일 발표한 성명에서 "산별운동을 후퇴시키고 민주노조운동을 분열시키겠다는 것인가? 공공연맹은 서울대병원지부노조 가맹승인을 철회하라"고 주장했다.

보건의료노조는 서울대병원지부의 탈퇴에 대해 △민주노조운동의 총노선인 산별노조 건설과 발전에 역행하는 잘못된 결정 △집단탈퇴를 허용하지 않는 규약을 위반하였으므로 효력 없음 △서울대병원지부의 포용과 복귀를 위한 노력을 할 것 △특정 지부의 결의로 기업별 노조로 전환할 수 있는 노조법 시행령 7조에 대한 제도개선투쟁을 전개할 것 등으로 제출해 온 입장을 공공연맹이 완전히 무시했다는 지적이다.

또한 공공연맹의 결정에 대해 "산별운동의 역사에 심각한 오점을 남기고 민주노조운동에 심대한 파장을 가져올 결정"이라고 비판하며 △산별노조 규약을 인정하지 않는 것인지 △기업별노조에서 산별연맹과 노조로, 소산별에서 대산별노조로 발전하는 역사를 무시하는 것인지 △자기조직 키우기 경쟁, 땅따먹기 경쟁에 나서는 것이 아닌지 등을 "4만 조합원의 분노를 담아 묻는다"고 하고 있다.

공공연맹이 중재단을 구성하여 20일까지 화해와 조정 노력을 하기로 한 것에 대해서는 "스스로의 잘못된 결정을 면피하기 위한 형식적 수순밟기이자 기만적인 요식행위"라며 강하게 비판했다. 더불어 "누가 누구를 조정하겠다는 것인가?" "왜 보건의료노조 내 조직이탈을 부추겨 분열, 와해시키고자 하는가?" 등의 표현을 써 불편한 심경을 감추지 않았다.

보건의료노조는 "양심과 도덕마저 팽개친 채 산별노조운동의 후퇴와 민주노조운동의 분열을 초래하는 공공연맹의 6월 8일 중앙집행위원회 결정사항을 전면 철회할 것을 엄중히 촉구한다"며 "공공연맹은 자기조직 이기주의, 조직분열주의의 길로 가지 말고 연대와 단결에 기반한 순수한 민주노조운동의 길, 올바른 산별운동의 길로 전진하라"고 촉구했다.