정부가 천안함 조사결과 발표후 대북 강경조치 중 하나로 내놓은 북한 선박의 제주해역을 포함한 남측 해역 운항을 금지하기로 한 대응이 우리측 손해만 부풀리는 자해공갈이 될 가능성이 큰 것으로 나타났다. 2009년 정부 발표에 따르면 남북해운합의서에 따라 북측선박이 남측 해역을 운항한 횟수보다 남측선박이 북측 해역을 운항 한 횟수가 29배나 더 많기 때문이다.

또 정부는 미국과 러시아 등으로 향하는 대한항공과 아시아나항공 소속 국적기들이 북한 영공을 우회해 운항하도록 지시했다. 이로 인해 북한 영공을 우회해 일본 영공을 거쳐 이동하게 되면 미주 노선은 30분, 러시아 노선은 1시간 정도 더 걸리게 된다.

이명박 대통령은 24일 대국민 담화를 통해 "지금 이 순간부터 북한 선박은 `남북해운합의서'에 의해 허용된 우리 해역의 어떤 해상교통로도 이용할 수 없다"고 밝혔다.

통일부는 작년에 2005년 남북해운합의서 발효 이후 2009년 4월까지 남측 선박은 편도기준으로 북한 해역을 총 30,532차례 통행했으며, 북측 선박은 우리 해역을 1,049차례 다닌 것으로 집계했다.

남북해운합의서는 1990년대 중반 남북간 교역을 활성화하기 위해 남북 당국이 마련한 규정으로 2001년 북한 상선 4척이 제주해협을 무단 통과하는 사건이 발생한 이후 2002년 10월부터 남북 간 협의를 거쳐 2004년 5월 채택, 2005년 8월1일부터 발효됐다.

남측 선박의 북한 해역 운항 횟수는 2005년 8~12월 2,207회, 2006년 8,370회, 2007년 11,668회로 늘었다가 이명박 정부 출범 첫해인 2008년엔 7,183회로 떨어지고, 2009년 1~4월에는 1,104회를 기록했다.

반면 북한 선박의 남측 해역 운항은 2005년 8~12월 45회, 2006년 128회, 2007년 361회, 2008년 399회로 증가 추세를 보이다 2009년 1~4월 사이에는 116회를 운항했다.

이중 북한 선박이 제주해협을 통과한 횟수는 2005년 8~12월 42회, 2006년 122회, 2007년 178회, 2008년 191회, 2009년 1~4월 86회로 총 619회 운항했다. 정부는 이 시기 4년 간 북한배들이 제주해협 통과로 인한 항로 단축으로 얻은 누적 이익을 35억원으로 추정했다.

박지원 민주당 원내대표도 “북한 선박이 우리 해역의 어떤 해상교통로도 이용할 수 없게 한다는데 물론 북한도 손해가 되겠지만 오히려 우리 선박이 중국이나 러시아로 가는데 북한의 영해를 많이 통행하기 때문에 우리 측의 손실이 크다”고 지적했다. 박지원 대표는 “개성공단에는 북한 노동자 4만명이 일을 하고 있지만, 개성공단에서는 개성 물이나 마시지 사실 초코파이까지도 다 우리가 가져가기 때문에 여기에 관련된 우리 중소기업 소상인들 12만명이 일을 하고 있다”며 “개성공단을 폐쇄하면 북한은 4만명의 일자리를 잃지만, 우리도 결과적으로 12만의 일자리를 잃는다. 실리가 있는 조치인지 의문이 든다”고 비꼬았다.